สมัยพระราชอาณาจักรกัมพูชา (พ.ศ. 2497–2513)

สากลวิทยาลัยภูมินท์พนมเปญ เดิมมีชื่อว่า สากลวิทยาลัยสังคมราษฎรนิยม ก่อตั้งในปี ค.ศ. 1960 โดยพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระนโรดม สีหนุ ซึ่งกำลังทรงปกครองประเทศอยู่ในขณะนั้นได้ดำเนินนโยบายสังคมราษฎรนิยม พระองค์ได้เล็งเห็นถึงความสำคัญของการพัฒนาด้านการศึกษาซึ่งสามารถทำให้พระราชอาณาจักรกัมพูชาเจริญรุ่งเรืองได้ จึงทรงก่อตั้งมหาวิทยาลัยสังคมราษฎรนิยมขึ้นและพระราชทานพระบรมราชานุญาตให้มหาวิทยาลัยใช้ตรา "รูปฉลองพระองค์ครุยคลุมพานแว่นฟ้า อัญเชิญพระแสงขรรค์และเครื่องหมายอุณาโลมภายใต้พระมหามงกุฎเปล่งรัศมี ประคองโดยคชสีห์และราชสีห์" เป็นเครื่องหมายประจำมหาวิทยาลัย ต่อมามหาวิทยาลัยได้มีการขยายอย่างรวดเร็วโดยรวมเอา สถาบันนิติศาสตร์และเศรษฐศาสตร์แห่งชาติ (National Institute of Judicial and Economic Studies), โรงเรียนแพทย์หลวง (Royal School of Medicine), วิทยาลัยพาณิชยศาสตร์แห่งชาติ (National School of Commerce), สถาบันครุศาสตร์แห่งชาติ (National Pedagogical Institute), คณะอักษรศาสตร์และมานุษยวิทยา (Faculty of Letters and Human Sciences), คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี (Faculty of Science and Technology) โดยจัดการเรียนการสอนเป็นภาษาฝรั่งเศส

สมัยสาธารณรัฐเขมร

ในสมัยของ สาธารณรัฐเขมร (Khmer Republic) ในปี ค.ศ. 1970 มหาวิทยาลัยสังคมราษฎรนิยมถูกเปลี่ยนชื่อเป็น มหาวิทยาลัยพนมเปญ และเปลี่ยนเป็น สากลวิทยาลัยภูมินท์พนมเปญ ในเวลาต่อมา ซึ่งในช่วงปี ค.ศ. 1965 ถึง ค.ศ. 1975 มหาวิทยาลัยมีคณะต่าง ๆ คือ วิทยาลัยครูชั้นสูง (ฝรั่งเศส: École Normale Supérieure; อังกฤษ: Higher Normal College), คณะอักษรศาสตร์และมานุษยวิทยา (Letters and Humanities), วิทยาศาสตร์ (Science), เภสัชศาสตร์ (Pharmacy), นิติศาสตร์และเศรษฐศาสตร์ (Law and Economics), แพทยศาสตร์และทันตแพทยศาสตร์ (Medicine and Dentistry), พาณิชยศาสตร์ (Commerce), ครุศาสตร์ (Pedagogy), สถาบันภาษา (Languages Institute)

สมัยเขมรแดง

ในยุคกัมพูชาประชาธิปไตย ในช่วงปี ค.ศ. 1975 - ค.ศ. 1979 รัฐบาลเขมรแดงมองว่าการเรียนในรูปแบบปรกติเป็นภัยต่ออุดมการณ์ของรัฐบาล จึงได้มีการกวาดล้างทำลายระบบการเรียนการสอนในรูปแบบปรกติครั้งใหญ่ ทำให้ระบบการศึกษาของกัมพูชาหยุดชะงักโดยสิ้นเชิง ในช่วงนี้เองที่สถาบันการศึกษาต่าง ๆ ในกัมพูชารวมถึงมหาวิทยาลัยพนมเปญถูกสั่งปิด การมีศึกษาถือว่าเป็นภัยและขัดต่ออุดมการณ์ของรัฐบาลเขมรแดง ทำให้มีการสังหารบุคลากรที่มีการศึกษาไปเป็นจำนวนมาก ซึ่งในจำนวนเหล่านั้นรวมไปถึงคณาจารย์เกือบทั้งหมดของมหาวิทยาลัยพนมเปญด้วย ผู้มีการศึกษาบางส่วนที่รอดชีวิตก็มีเพียงไม่กี่คนที่กลับกัมพูชาหลังจากที่ชายแดนเปิด เหตุการณ์ในช่วงห้าปีนี้จึงนับเป็นความสูญเสียครั้งยิ่งใหญ่และยังคงส่งผลกระทบมาจนถึงปัจจุบันอีกด้วย

ยุคฟื้นฟูและปัจจุบัน

ในปี ค.ศ. 1980 วิทยาลัยครูชั้นสูง ได้เปิดการเรียนการสอนอีกครั้งหนึ่ง โดยเน้นการสอนใช้ภาษาฝรั่งเศสเป็นหลัก ในปี ค.ศ. 1981 สถาบันภาษาต่าประเทศเปิดทำการสอน โดยเริ่มจากการผลิตครูสอนภาษาเวียดนามและภาษารัสเซีย ในปี ค.ศ. 1988 วิทยาลัยและสถาบันภาษารวมกันเป็นมหาวิทยาลัยพนมเปญ และในปี ค.ศ. 1996 จึงได้เปลี่ยนชื่อเป็น สากลวิทยาลัยภูมินท์พนมเปญ

ในทศวรรษที่ผ่านมา มหาวิทยาลัยได้รวมคณะวิทยาศาสตร์ คณะสังคมศาสตร์และมานุษยวิทยา และสถาบันภาษาต่างประเทศ และในปี ค.ศ. 2001 มหาวิทยาลัยได้เปิดหลักสูตรประกาศนียบัตรและปริญญาโทในสาขาการพัฒนาการท่องเที่ยว ซึ่งถือเป็นหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษาหลักสูตรแรกของมหาวิทยาลัย